Ολοκληρώθηκε με επιτυχία το διετές ερευνητικό πρόγραμμα “The Mycenaean Northeastern Kopais – MYNEKO” (2016-2017), στο πλαίσιο του οποίου πραγματοποιήθηκε συστηματική ανασκαφική έρευνα στις νησίδες Άγιος Ιωάννης και Πύργος-Αγία Μαρίνα στον βορειοανατολικό μυχό της λίμνης στη βόρεια Κωπαΐδα, υπό τη διεύθυνση της Δρ. Έλενας Κουντούρη, Προϊσταμένης της Διεύθυνσης Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων του ΥΠΠΟΑ. Στενός συνεργάτης του προγράμματος υπήρξε ο καθηγητής Μichael F.Lane του Πανεπιστημίου Maryland Baltimore County (UMBC), ενώ η επίκουρος καθηγήτρια Επιστήμης και Τεχνολογίας στο Eρευνητικό Κέντρο Επιστήμης και Τεχνολογίας στην Αρχαιολογία (EKETA) του Ινστιτούτου Κύπρου, Εύη Μαργαρίτη, έχει αναλάβει την μελέτη των φυτικών καταλοίπων, προκειμένου να υπάρξει ανασύνθεση του παλαιοπεριβάλλοντος και των αγροτικών πρακτικών της περιοχής.
Στις δύο αυτές θέσεις εντοπίστηκαν τμήματα οχύρωσης, κατάλοιπα οικιών με λίθινα τοιχόβαθρα και ανωδομή από πλίθρες, καθώς και ταφές κάτω από τα δάπεδά τους, ενδεχομένως παιδικές, που εμπλουτίζουν τα υπάρχοντα στοιχεία σχετικά με τη συνύπαρξη ζώντων και νεκρών σε Μεσοελλαδικές οικιστικές θέσεις της ηπειρωτικής Ελλάδας. Καθώς το έδαφος στις δύο θέσεις είναι εξαιρετικά βραχώδες για εκμετάλλευση, δεν αποκλείεται οι κάτοικοί τους να είχαν επιτύχει τη δημιουργία καλλιεργήσιμου χώρου στις παρυφές της λίμνης, υπόθεση, που αν επιβεβαιωθεί, ενισχύει την άποψη ορισμένων ερευνητών για το μεσοελλαδικό υπόβαθρο των αποστραγγιστικών έργων.
Στην ακρόπολη του Αγίου Ιωάννη η κυκλώπεια οχύρωση, ανιχνεύσιμη σε μήκος 560 μέτρων, περιβάλλει το πλάτωμα της κορυφής, ακολουθώντας την γραμμή του φρυδιού του βράχου. Ανασκαφικές τομές κατά μήκος του εσωτερικού μετώπου του τείχους αποκάλυψαν επιμήκη τοίχο εμπλεκόμενο με την έσω παρειά του οχυρωματικού περιβόλου που παρουσιάζει, ανά τρία μέτρα κατά μήκος της εσωτερικής του όψης, ορθογώνιες προεκβολές, γνωστές από κτίρια με λειτουργία αποθηκών ή από εσωτερικούς περιβόλους στην ακρόπολη του Γλα. Ενδιαφέρον προκαλεί, επίσης, η αποκάλυψη τμήματος σκελετού ζώου τοποθετημένου προσεκτικά κατά χώρα σε πτυχή του ημιβραχώδους εδάφους εντός μεσοελλαδικού στρώματος, σε άμεση γειτνίαση με το τείχος. Ταυτίστηκε με θηλυκό ιπποειδές, που βρίσκει παράλληλα παραδείγματα σε άλογα που συνοδεύουν ταφές σε θολωτούς τάφους των μυκηναϊκών χρόνων. Στο μεσαίο και βόρειο άνδηρο του λόφου εντοπίστηκαν και ερευνήθηκαν συστάδες κιβωτιόσχημων τάφων της ίδιας εποχής, οι οποίες σε κάποιες περιπτώσεις περιβάλλονται από λιθόκτιστο περίβολο και καλύπτονται από χαμηλό τύμβο, σύμφωνα με την παράδοση της κυκλικής ταφικής αρχιτεκτονικής με παράλληλα στην Πελοπόννησο αλλά και στην γειτονική Φθιώτιδα (Αντρώνα). Αντίθετα, χωρίς τυπολογικό παράλληλο, προς το παρόν, είναι ορθογώνιος ταφικός περίβολος που ήρθε στο φως, ιδιομορφία που ίσως επέβαλε η ποιότητα του εδάφους σε συνδυασμό με τον ανά οικογένεια διαθέσιμο ταφικό χώρο.
Τα οικοδομικά κατάλοιπα που εντοπίστηκαν στο λόφο του Αγίου Ιωάννη, σε συνδυασμό με την αποτελούμενη κυρίως από χονδροειδή και ημιχονδροειδή μαγειρικά σκεύη κεραμική επιτρέπουν την χρονολογική αναγωγή της παλαιότερης, προς το παρόν, οικοδομικής φάσης κατοίκησης στη θέση αυτή γύρω στα μέσα του 17ου αιώνα π.Χ. (Μεσοελλαδική ΙΙΙ/ΥΕ Ι περίοδος). Τα αποτελέσματα της έρευνας είναι ιδιαίτερα ενθαρρυντικά, καθώς έφεραν στο φως νέα δεδομένα για το μεσοελλαδικό και πρώιμο μυκηναϊκό υπόβαθρο των οικισμών που αναπτύχθηκαν στο βόρειο περιθώριο της λίμνης. Επιπλέον, η διαπίστωση, με στρωματογραφικά δεδομένα, ότι τα οχυρωμένα πολίσματα στους λόφους Αγίου Ιωάννη και Αγίας Μαρίνας εμφανίζουν φάση οχύρωσης, επανακατοίκησης και εγκατάλειψης χρονολογικά ανάλογη με την ακρόπολη στο Γλα, δηλαδή γύρω στα μέσα του 13ου αιώνα π.Χ., ρίχνει νερό στον μύλο της προβληματικής των κοινωνικο-πολιτικών ιεραρχικών σχέσεων του μυκηναϊκού βορειοανατολικού κωπαΐδικού πεδίου, καθώς και του διπόλου Ορχομενός-Γλας.
Τέλος, ενισχύει την άποψη της διευθύνουσας την έρευνα ότι γύρω στα 1250 π.Χ. ένα οικοδομικό πρόγραμμα, γιγαντιαίας κλίμακας, έλαβε χώρα στην βόρεια Κωπαΐδα, με πρωτοβουλία του ανακτορικού κέντρου του Ορχομενού.
Ο Ορχομενός, μια ηπειρωτική και κατεξοχήν παραλίμνια δύναμη, που αναμφίβολα διαδραματίζει από νωρίς προεξάρχοντα ρόλο στην περιοχή, υπήρξε στραμμένος περισσότερο προς την κεντρική Ελλάδα, επενδύοντας όχι τόσο στις υπερπόντιες σχέσεις, όπως η Θήβα, αλλά στο να δαμάσει το μοναδικό φυσικό πόρο που είχε δίπλα του, υπέρ του στόχου της αυτάρκειας σε σιτηρά και άλλες προσόδους.
Για να επιτευχθούν οι στόχοι αυτοί κατασκευάστηκε εκτεταμένο τεχνικό έργο αποστράγγισης του βόρειου τμήματος της λίμνης, ιδρύθηκε η ακρόπολη του Γλα σε καίριο σημείο, ώστε να επιτρέπει τον έλεγχο των αποστραγγιστικών έργων της λίμνης, ενώ επανιδρύθηκε σειρά εγκαταστάσεων στις παρυφές της λίμνης και ιδιαιτέρως στο βορειοανατολικό μυχό, όπως ο Άγιος Ιωάννης και η Αγία Μαρίνα, αφενός για την εποπτεία των καταβοθρών, η απόφραξη των οποίων θα μπορούσε να προκαλέσει αστοχία στο αποστραγγιστικό έργο και αφετέρου για την δυνατότητα της άμεσης πρόσβασης στους θαλάσσιους εμπορικούς δρόμους.
Το πρόγραμμα υλοποιήθηκε με την οικονομική ενίσχυση του Ινστιτούτου Αιγαιακής Προϊστορίας (INSTAP), του Ιδρύματος Ψύχα και της εταιρείας Λάβα Α.Ε., ενώ ο Δήμος Ορχομενού και η Τοπική Κοινότητα Ακραιφνίου υποστήριξαν θερμά την έρευνα.
