Κατόπιν αιτήματος της Ελληνικής Αρχής η Ευρωπαϊκή Επιτροπή χορήγησε με απόφασή της, κατ’ αρχήν στις 22.04.1998, περιορισμένη αναγνώριση στον Ε.Ν. για την παροχή υπηρεσιών επιθεώρησης και έκδοσης πιστοποιητικών των πλοίων διάρκειας τριών (3) ετών, τα αποτελέσματα της οποίας περιορίζονταν στην Ελλάδα.
Μετά την λήξη της ανωτέρω αναγνώρισης και νέας αίτησης της Ελληνικής Αρχής χορηγήθηκε νέα περιορισμένη αναγνώριση για δεύτερη περίοδο τριών (03) ετών από την 13.12.2001.
Η αναγνώριση του Οργανισμού παρατάθηκε εκ νέου με Απόφαση της Ευρωπαϊκής Επιτροπής την 03.08.2005 για τρίτη περίοδο, τριών (3) ετών. Τα αποτελέσματα της εν λόγω Απόφασης περιορίζονταν στην Ελλάδα και την Κύπρο, ενώ κατόπιν αίτησης της Μάλτας η αναγνώριση επεκτάθηκε και στην Μάλτα το 2006.
Η εν λόγω περιορισμένη αναγνώριση του Ελληνικού Νηογνώμονα έληξε την 03/08/2008. Κατόπιν σχετικής απόφασης της Επιτροπής COSS (23/02/2009), εγκρίθηκε η αριθμ.: Ε(2009) 2130/30.03.2009 Απόφαση της Ε. Επιτροπής για την παράταση της αναγνώρισης του Ε.Ν. επί 17μηνο, σύμφωνα με τους όρους που περιγράφονται στο Παράρτημα αυτής, η οποία έληξε την 30.08.2010.
Στα πλαίσια της ισχύουσας νομοθεσίας και της κοινοτικής αναγνώρισης συνάφθηκε η από 15.03.2004 διμερής συμφωνία μεταξύ της Ελληνικής Αρχής και του ΕΝ για την παροχή υπηρεσιών επιθεώρησης και πιστοποίησης των υπό Ελληνική σημαία πλοίων.
Κατόπιν ολοκλήρωσης των ελέγχων του Ελληνικού Νηογνώμονα (Ε.Ν.) από την αρμόδια Κοινοτική Υπηρεσία (EMSA) και την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, την 10.08.2010 η Ευρωπαϊκή Επιτροπή γνωστοποίησε ότι σύμφωνα με τις διατάξεις του Κανονισμού 391/2009/ΕΚ δεν δύναται να προβεί σε παράταση αναγνώρισης του Ε.Ν.
Κατόπιν αυτών, οι Υπηρεσίες του Υπουργείου με γνώμονα την εξασφάλιση του καλύτερου δυνατού επιπέδου ασφάλειας των υπό Ελληνική σημαία πλοίων και την χορήγηση δυνατότητας μεταβατικής περιόδου στις ναυτιλιακές εταιρείες, εξέδωσαν σχετική εγκύκλιο (Α.Π.4124.1/22/2010/27-08-2010), σύμφωνα με την οποία:
• Πιστοποιητικά κλάσης και κυβερνητικής πιστοποίησης που εκδόθηκαν ή θεωρήθηκαν μέχρι την 30.08.2010 εξακολουθούν να ισχύουν μέχρι την ημερομηνία λήξης αυτών ή την ημερομηνία θεώρησής τους και πάντως όχι αργότερα από την 28.02.2011.
• Σε περιπτώσεις βλάβης/ ζημιάς πλοίου ο ΕΝ δύναται να διενεργεί τις αναγκαίες επιθεωρήσεις και να εκδίδει τα προβλεπόμενα βεβαιωτικά μόνο υπό την επίβλεψη της Ελληνικής Αρχής.
• Μετά τις 30/8/2010 ο Οργανισμός δεν έχει το δικαίωμα να εκδίδει νέα πιστοποιητικά πλοίων, σύμφωνα με την εθνική, διεθνή και κοινοτική νομοθεσία.
Τα εν λόγω μέτρα έχουν προσωρινό χαρακτήρα μέχρι τη λήψη οριστικής απόφασης από την Ε. Επιτροπή επί του αιτήματος χορήγησης αναγνώρισης στον Οργανισμό.